不同点一：一人到两人。神舟五号只有杨利伟一个乘客，神舟六号增加为由费俊龙和聂海胜两名航天员组成的乘组。

　　航天员系统总指挥、总设计师陈善广：人数的增加给飞行任务的各个环节和工程各系统都带来了不同程度的变化，比如，携带的装备要增加一倍，两名航天员存在协同配合的问题，等等，所以这次航天员的训练也是以乘组形式进行的。双人飞行，比单人飞行更能全面地考核飞船和工程其他系统的性能。

　　不同点二：一天到多天。神舟五号仅飞行21个小时，绕地球14圈，距离总计60万公里。神舟六号要在轨运行多天，飞行圈数、距离必然大大增加，费俊龙和聂海胜将成为飞得最远的中国人。

　　测控通信系统总设计师于志坚：在空间停留的时间越长，意味着发生问题的概率越大，飞行控制也远比神舟五号复杂。我们对计算机终端进行了更新，数据记录方式也实现了更新换代。神舟六号制定了在轨运行时的150余种故障模式和对策，如果故障严重，飞船在每一圈都能应急返回。

　　不同点三：一舱到多舱。神五飞行中，杨利伟一直待在返回舱内，也没有进行空间科学实验操作。但这一次，两名航天员要从返回舱到轨道舱吃饭、睡觉并进行空间科学实验。这是我国第一次有人参与的空间科学实验。

　　飞船应用系统总指挥、总设计师顾逸东：科学试验如果没有人的参与，试验的内容和效果将受到很大的限制，因为从某种意义上来说，科学试验无法事先设定好，试验过程中会出现一些根本无法预料到的情况，需要科学家根据这些情况采取措施，这必须要有人的参与。所以说，人的参与将使空间科学试验实现质的飞跃。

　　不同点四：航天员的“衣”。神五飞行中，杨利伟一直穿着航天服，而这次两名航天员要脱下航天服到轨道舱活动。

　　陈善广：中国航天员现在穿的是舱内航天服，实际上它不仅仅是服装，更是载人航天的个体防护保障系统。这次使用的航天服与上次杨利伟穿的一样，只不过杨利伟没有脱过。航天服重量近11公斤。在地面上，航天员穿脱一次常常大汗淋漓，经过训练，他们都能在两三分钟内完成穿脱，失重条件下可以更快。

　　不同点五：航天员的“食”。神五飞行的21个小时里，杨利伟吃了些小月饼，喝的是矿泉水，而这次，航天员吃上了热饭热菜。

　　陈善广：中国人喜欢吃热餐，飞行时间短的话吃点心、喝凉水还可以对付，但时间一长就不好受了。所以这次我们专门设计了一个食品加热装置，能在十几分钟里加热食物。神舟五号上有十几种食品，杨利伟只吃了三五种。这次带了50多种，香菇菜心、牛肉丸子等，吃饭的时候还可以喝奶油浓汤或咖啡、绿茶等饮料。

　　不同点六：航天员的“睡”。杨利伟躺在座椅上睡了两觉，其间熟睡有半个小时。这次飞行，两名航天员睡觉时间增多了，而且要用上太空睡袋。

　　陈善广：飞行时间加长后，航天员必须有足够的睡眠，才能保证身体的健康和科学实验的正常开展。这次，两名航天员轮流休息。我们用保暖织物设计了太空睡袋，固定在轨道舱舱壁上。如果要形容“神舟”六号航天员睡觉姿势的话，应该是“挂”着睡的。

　　不同点七：航天员的如厕问题。杨利伟在太空没有上厕所，神舟六号飞船首次在轨道舱里装备了大小便收集器。

　　陈善广：在太空上厕所是个麻烦事。我们的航天服里有一个类似于“尿不湿”的小便收集装置，这是上次飞行中杨利伟惟一能够使用的“厕所”。这次我们增加了一个大小便收集器，能够强力吸走排泄物，同时通过除臭装置除去异味。这个吸尘器式的“太空马桶”在太空中是否方便好用，是这次任务需要验证的一个问题。

　　不同点八：飞船更舒适。基于两人多天的飞行任务，神舟六号飞船首次全面启动了环境控制和生命保障系统。

　　载人飞船系统总设计师张柏楠：通过110多项技术改进，这艘飞船提高了冷凝水汽的能力，确保飞船湿度控制在80％以下，改进了座椅的着陆缓冲功能，不仅保护了航天员，还能让他在返回途中座椅提升仍然可以看到舷窗外的情况。另外，因为人数和设备的增加，神六比神五飞船重了200多公斤。

　　不同点九：火箭更安全。与上一枚火箭相比，发射神舟六号飞船的“长征二号Ｆ”型火箭有75项技术改动，更加安全、可靠和舒适，也有了更多的功能。

　　运载火箭系统总设计师刘竹生：世界上不少航天事故都是火工品爆炸造成的，为了确保航天员的安全，这枚火箭第一次在点火装置上增加了火路安全机构，把火工品爆炸的风险降到了最低点。同时，我们用新的计算方法，进一步了减小了上升段的震动。这枚火箭上还第一次安装了摄像头，可以把火箭从起飞到船箭分离等动作的画面实时传回，以帮助地面更加准确地观测和判断火箭状态。

　　不同点十：副着陆场首次启动。与神舟五号着陆场系统最大的不同在于，这次飞行任务首次全面启用了位于酒泉附近的副着陆场。

　　着陆场系统总设计师侯鹰：由于目前技术条件的限制，我们还无法对多天内的气象变化进行精确预报。因此，在选择飞船发射窗口时，无法保证主着陆场的气象条件适合降落。副着陆场与位于内蒙古中部草原四子王旗的主着陆场相隔1000公里，可以起到气象备份的作用。所以，主、副着陆场都配备了必要的搜救装备和人员，在飞船运行期间都全面启动，做好迎接飞船着陆的准备。

　　不同点十一：发射更成熟。7月6日发射的实践7号卫星，8月2日发射的中国第21颗返回式卫星，8月29日发射的第22颗返回式卫星，加上神舟六号飞船，3个月内发射“三星一船”，为酒泉卫星发射中心写下了发射最频繁的记录。

　　发射场系统总设计师陆晋荣：航天自动化智能化水平不高，因为很多环节需要人来操作。人都是会犯错误的，航天技术保障措施不足以保障每个环节都准确无误，所以只能靠科学的组织管理和复杂的检查测试。卫星发射同时也是对神六发射设施设备的检验，应该说，发射和测试技术更成熟了，我们也更自信了。

　　不同点十二：航天人更年轻。尚志、张柏楠、刘宇、陈善广……在神六飞行任务各系统的“老总”中间，记者发现了不少40岁出头的年轻的新面孔。神舟五号七大系统总指挥、总设计师平均年龄53.6岁，神舟六号为48.7岁。

　　载人航天工程总设计师王永志：中国载人航天工程的一个重大成就在于，用十几年时间培养了一支新的航天人才队伍。现在，飞船、火箭队伍中35岁以下的人已经占80％，其他系统关键技术岗位上也不乏二十多岁的骨干。这支队伍很年轻，长期在一线工作，积累了经验，增长了知识，而且是在载人航天工程这个高度严格的环境和伟大的精神氛围培育中成长起来的，所以现在都能够挑大梁了。把担子交给他们，我们这一代人很放心。